Pasando la fachada de la Universidad, nos encontramos con el antiguo Patio Mayor de Escuelas que, posteriormente, pasaría a denominarse de Santo Tomás de Villanueva en honor al santo manchego, ex colegial de San Ildefonso.
La primitiva construcción databa de la época del cardenal Cisneros y fue realizada, por razones prácticas, en ladrillo.
Posteriormente, debido al estado de deterioro en que se encontraba la obra originaria, sería construido el actual patio.
Tras un primer proyecto a cargo de Juan García de Atienza, éste se encargó al arquitecto real Juan Gómez de Mora, autor en Madrid de las trazas de la Plaza Mayor y del Ayuntamiento, y en Alcalá de Henares del Monasterio de las Bernardas y del Colegio de Málaga.
Dentro de la imagen del patio, o del paraninfo, si pinchamos en la esquina inferior derecha, podremos ver una espectacular imagen a pantalla completa.
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